Fue instaurada por los padres de la orden jesuita que llegaron al Cusco en 1571. En 1576 comenzaron la construccion en el lugar denominado Amaru Kancha (Barrio) de Wayna Qhapaq, de acuer- do a los planos del arquitecto Don Francisco Becerra.
El terremoto de 1650, afecto su construccion, reiniciandose la nueva edificacion en 1661 bajo la direccion del arquitecto padre jesuita Juan Bautista Egidiano. El acabado total se realizo en 15 an~os, aperturandola el 19 de Agosto de 1668.
El plano de la fachada y torres fue realizada por el sacerdote jesuita Fructuoso Viera, el ejecutor de los planos fue el arquitec- to Diego Martinez de Oviedo. La planta es en cruz latina, posee una sola nave, dos torres con ojos de buey que se enmarca ajustan- dose al imafronte, el crucero remata en una cupula de gran factura arquitectonica de singular trabajo de estilo barroco, destacando en el interior la gran labor de labrado de las pechinas igualmente de canon artistico barroco.
Los retablos son de madera de cedro y estos estan dorados con la hoja de oro. Existe lienzos que representan el matrimonio de Isabel N~usta Princesa del Peru con Diego On~as de Loyola y el otro que representa la union de los Loyola y los Borja. Entre otros pintores estan Marcos Zapata, Basilio Santa Cruz, Basilio Pacheco, Cipriano Gutierrez, Rivera y otros anonimos.
Entre las esculturas mas relevantes, tenemos las de San Jeronimo y San Francisco que se hallan en la sacristia, cuyo autor fue Melchor Huaman Mayta.