Fray Sebastian de Trujillo y Castan~eda fundo el convento o iglesia en 1536, en lugar denominado LLimipipata, confirmada esta fundacion por Bula Papal de Pio IX en 1561.
El antiguo claustro e iglesia funcionaron hasta 1650, fecha en que quedo inhabitable a raiz del terremoto. En 1675 se finalizo la construccion en cuya obra tubieron especial participacion alarifes indigenas como Alonso Casay y Francisco Monya siendo los mejores benefactores los Pizarro, los Almagro entre otros.
La fachada es de manifiesta belleza, destaca la torre de la iglesia de una canteria excepcional de estilo barroco. La planta de tres naves con pilastrones y arcos forneros; el primer claustro con una exornacion riquisima en tallas de madera de cedro.
Asimismo, la obra que mas destaca en orfebreria es al custodia de la Merced de doble estilo, la seccion superior de estilo barroco fue realizada por Juan de Olmos, orferbre espan~ol en 1720 y la renacentista, seccion inferior, fue trabajada por el orfebre cusquen~o Manuel de la Piedra en 1805. Pesa 22 Kilos, 200 gramos, de 1.30 mts. incrustada de3 1518 diamantes, 615 perlas, rubies, topacios y esmeraldas. La custodia en mencion se ubica en el interior del convento (primer claustro).