Está ubicado en la tercera cuadra del Jirón Ancash. El Convento y la Iglesia de San Francisco, enmarcados por las Iglesias de la Soledad y del Milagro, constituyen el complejo arquitectónico colonial más grande del país. La Iglesia tiene una bella portada de piedra. El Convento, el Claustro y la Portería están adornados con preciosos azulejos sevillanos colocados en 1620, tiene rejas y bello artesonado.
Destacan también el Museo de Arte Religioso rico en platería y casullas con hilos de oro y plata, finas tallas de madera, pergaminos, custodias, etc.. La sala Zurbarán con los cuadros de los Apostoles. En las galerías subterráneas se encuentran las Catacumbas, descubiertas en 1951 y que sirvieron de cementerio durante la colonia.